PT Kereta Api Indonesia memberikan layanan kereta api penumpang dan barang. Hampir semua jalur yang beroperasi memiliki layanan angkutan kereta api penumpang yang dijalankan secara teratur.

Kereta penumpang

Kapasitas angkut penumpang yang disediakan PT Kereta Api Indonesia di Jawa dan Sumatera adalah sebanyak 106.638 tempat duduk per hari dengan rasio kelas eksekutif (15%), bisnis (27%), dan ekonomi (59%). Bila tempat duduk dikaitkan dengan jarak tempuh, maka total kapasitas melambung menjadi sebanyak 41.528.450 tempat duduk per kilometer per hari dengan rasio kelas eksekutif (17%), kelas bisnis (25%), dan kelas ekonomi (58%).

Kelas Eksekutif

Kereta Eksekutif Go Green yang sering dipakai Argo Bromo Anggrek sekarang.

Kelas Argo adalah kelas layanan tertinggi PT Kereta Api Indonesia, yaitu dengan kereta penumpang berkapasitas 50/52 orang per kereta. Layanan yang disediakan adalah tempat duduk yang bisa diatur, pendingin udara, hiburan audio visual dan layanan makanan.
Rangkaian kereta api jenis ini mulai diluncurkan pada tanggal 31 Juli 1995 untuk memperingati 50 Tahun Kemerdekaan Republik Indonesia. Pada awalnya hanya dua kereta api yang dioperasikan, yaitu Argo Bromo yang melayani rute Gambir–Surabaya Pasar Turi dan Argo Gede yang melayani rute Gambir–Bandung. Saat ini, kereta api Argo Bromo telah digantikan dengan Argo Anggrek dan KA Argo Gede juga telah diberhentikan pengoprasiannya.
Kereta api kelas Argo lainnya adalah:

• Argo Anggrek yang melayani rute Gambir–Surabaya Pasar Turi.
• Argo Muria yang melayani rute Gambir–Semarang Tawang.
• Argo Lawu yang melayani rute Gambir-Yogyakarta–Solo Balapan.
• Argo Wilis yang melayani rute Bandung–Surabaya Gubeng.
• New Argo Jati yang melayani rute Gambir–Cirebon.
  
  

  

  Interior KA Argo Bromo Anggrek Go Green.
• Argo Dwipangga yang melayani rute Gambir-Yogyakarta–Solo Balapan.
• Argo Sindoro yang melayani rute Gambir–Semarang Tawang.

Bagian dalam kereta eksekutif Pesawat buatan INKA.

Kelas Satwa adalah Kereta sekelas Argo tetapi bukan argo seperti Kereta di bawah ini

• Sembrani yang melayani rute Surabaya Pasar Turi-Gambir.
• Gajayana yang melayani rute Malang-Gambir.
• Bangunkarta yang melayani rute Gambir-Semarang Tawang-Surabaya Gubeng
• Taksaka yang melayani rute Yogyakarta-Gambir
• Bima yang melayani rute Malang-Surabaya Gubeng-Gambir.
• Turangga yang melayani rute Surabaya Gubeng-Bandung

Kelas Campuran

Kereta kelas Eksekutif tipe Pesawat yang di gunakan Argo Dwipangga, Argo Jati, Gajayana, Sembrani, dan Turangga.

Kelas campuran adalah kelas layanan kedua tertinggi, dengan kereta penumpang kelas eksekutif (52 penumpang) dan bisnis (64 penumpang). Layanan kelas publik diberikan pada jalur-jalur berikut ini:

• Cirebon Ekspres yang melayani rute Tegal-Gambir

• Sancaka yang melayani rute Surabaya Gubeng–Yogyakarta.

KA Eksekutif Campuran

• Mutiara Timur yang melayani rute Surabaya Gubeng–Banyuwangi hingga Denpasar, Bali menggunakan bus dari Banyuwangi.
• Lodaya yang melayani rute Bandung-Yogyakarta-Solo Balapan.
• Malabar yang malayani rute Bandung-Malang.
• Gumarang yang melayani rute Jakarta Kota–Surabaya Pasar Turi.
• Harina yang melayani rute Bandung-Surabaya Pasar Turi.
• Argo Parahyangan yang melayani rute Gambir-Bandung.
• Purwojaya yang melayani rute Gambir-Cilacap
• Malioboro Ekspres yang melayani rute Malang–Yogyakarta.
• Sawunggalih Utama yang melayani rute Pasar Senen–Kutoarjo.
• Ciremai Ekspres yang melayani Bandung-Cirebon.
• Siliwangi (Eksekutif-Ekonomi) relasi Cianjur-Sukabumi-Bogor.
• Pangrango (Eksekutif-Ekonomi) relasi Bogor-Sukabumi-Cianjur.

Kelas Bisnis

Bagian dalam gerbong kereta bisnis.

Di bawah kereta api kelas Publik adalah kelas komersial kelas menengah, yang mencakup semua kereta bisnis.

• Mutiara Selatan yang melayani rute Surabaya-Bandung
• Senja Utama dari Pasar Senen ke Stasiun Yogyakarta, Solo Balapan dan Semarang Tawang.
• Fajar Utama Yogya dari Pasar Senen ke Stasiun Yogyakarta
• Fajar Utama Semarang dari Pasar Senen ke Stasiun Semarang Tawang
• Sarangan yang melayani rute Madiun-Surabaya
• Sidomukti yang melayani rute Yogyakarta-Solo Balapan

Kelas Ekonomi

Kereta kelas Ekonomi.

Kereta kelas Ekonomi AC.

Dalam rangka pemerataan pelayanan kepada semua lapisan masyarakat, selain mengoperasikan sejumlah kereta api komersial yang berfungsi sebagai subsidi silang pada pelayanan kereta api kelas ekonomi, PT Kereta Api Indonesia juga mengoperasikan sejumlah rangkaian kereta api kelas ekonomi unggulan, yaitu:

• Matarmaja yang melayani rute Malang-Pasar Senen
• Pasundan yang melayani rute Kiaracondong-Surabaya Gubeng
• Tegal Arum yang melayani rute Jakarta Kota-Tegal
• Brantas yang melayani rute Tanjung Priok–Kediri
• Logawa yang melayani rute Purwokerto-Jember
• Sri Tanjung yang melayani rute Banyuwangi–Lempuyangan.
• Tawang Alun yang melayani rute Malang Kotalama-Banyuwangi.
• Bengawan yang melayani rute Tanjung Priok-Purwosari.
• Progo yang melayani rute Pasar Senen–Lempuyangan.
• Serayu yang melayani rute Jakarta Kota-Kroya
• Kutojaya Utara yang melayani rute Pasar Senen-Kutoarjo
• Kutojaya Selatan yang melayani rute Kiaracondong-Kutoarjo
• Kertajaya yang melayani rute Tanjung Priok-Surabaya Pasar Turi
• Kahuripan yang melayani rute Kiaracondong-Kediri
• Gaya Baru Malam yang melayani rute Jakarta Kota-Surabaya Gubeng
• Majapahit yang melayani rute Pasar Senen-Malang
• Menoreh yang melayani rute Pasar Senen–Semarang Tawang.
• Bogowonto yang melayani rute Pasar Senen-Yogyakarta.
• Gajah Wong yang melayani rute Pasar Senen–Yogyakarta.
• Krakatau Ekspres yang melayani rute Merak-Kediri.
• Tegal Ekspres yang melayani Pasar Senen–Tegal
• Ajisaka yang melayani rute Lempuyangan-Kutoarjo (tidak beroperasi)
• Kalijaga yang melayani rute Purwosari-Semarang Poncol

Kereta api lokal

Tarif kereta api kelas ekonomi ditetapkan oleh pemerintah sehingga secara keseluruhan biaya operasi tidak dapat ditutup dengan tarif yang dikenakan kepada masyarakat. Sampai saat ini, PT Kereta Api Indonesia melakukan subsidi silang dari pendapatan rangkaian kereta api kelas Argo dan kelas satu pada kelas ekonomi. Beberapa kereta yang dioperasikan adalah:

• KRD Kertosono yang melayani rute Surabaya Pasar Turi-Cepu dan Surabaya Kota-Kertosono.
• Penataran yang melayani rute Surabaya Kota-Blitar via Malang.
• Kaligung yang melayani rute Brebes–Semarang Poncol.
• Kalimaya yang melayani rute Tanah Abang–Merak.
• Probowangi yang melayani rute Probolinggo-Banyuwangi.
• Rapih Dhoho yang melayani rute Surabaya Kota-Blitar via Kediri.
• Langsam yang melayani rute Rangkasbitung-Angke
• Patas Purwakarta yang melayani rute Purwakarta-Jakarta Kota
• Banten Ekspres yang melayani rute Merak-Jakarta Kota.
• Madiun Jaya yang melayani rute Madiun-Yogyakarta
• Madiun Jaya Ekspres yang melayani rute Madiun-Yogyakarta
• Prambanan Ekspres yang melayani rute Kutoarjo-Solo Balapan.
• Kereta api Blora Jaya Ekspres yang melayani rute Semarang Tawang-Bojonegoro
• Baraya Geulis yang melayani rute Padalarang-Cicalengka
• Bumi Geulis yang melayani rute Bogor-Sukabumi (ditutup dan digantikan oleh Pangrango).
• Pandanwangi yang melayani rute Jember-Banyuwangi.
• Kereta Lokal Bandung Raya yang melayani rute Padalarang-Bandung-Cicalengka hingga Cibatu, Garut.
• KRDH Surabaya yang melayani rute Surabaya-Lamongan, Surabaya-Sidoarjo, dan Surabaya-Mojokerto.
• Sriwedari yang melayani rute Yogyakarta-Solo Balapan

Komuter

Artikel utama untuk bagian ini adalah: Kereta komuter

Kereta Api Komuter Jabodetabek yang dikelola oleh anak perusahaan PT Kereta Api Indonesia, yaitu PT KAI Commuter Jabodeabek.

Komuter adalah kereta api yang beroperasi dalam jarak dekat, menghubungkan kota besar dengan kota-kota kecil di sekitarnya atau dua kota yang berdekatan. Penumpang kereta ini kebanyakan adalah para penglaju bermobilitas tinggi yang pergi-pulang dalam sehari, misalnya ke tempat kerja atau sekolah. Tidak mengherankan apabila frekuensi perjalanan komuter termasuk tinggi dan jumlah penumpangnya juga paling banyak dibanding kereta jenis lainnya.
Di Indonesia, jaringan komuter masih menjadi satu dengan kereta api jarak jauh, bahkan kebanyakan rangkaian kereta apinya juga diambil dari bekas kereta api jarak jauh. Walaupun demikian, pemerintah saat ini sedang mempersiapkan pembangunan jaringan kereta api komuter yang lebih canggih, seperti monorel, kereta bawah tanah, maupun Mass Rapid Transit (MRT) yang rencananya akan dibangun di Jakarta dan Surabaya.
Komuter umumnya dilayani oleh rangkaian kereta api ekonomi, tetapi beberapa sudah ada yang dilayani oleh kereta kelas bisnis bahkan kelas eksekutif, seperti kereta api Pakuan jurusan Jakarta- Bogor. Jalur-jalur kereta komuter yang ada di Indonesia antara lain:

• KRL Jabodetabek/Commuter Line, merupakan jalur komuter tertua di Indonesia yang melingkupi daerah Jakarta Raya, melayani para penglaju dari Jakarta ke Bogor, Depok, Tangerang, dan Bekasi, termasuk jalur cabang ke Serpong dan Maja.
• KRDH MCW 302 Patas relasi Cicalengka-Padalarang, KRDE Baraya Geulis relasi Cicalengka Padalarang hasil modifikasi dari KRL BN Holec PT. INKA Madiun.
• KRDE Prambanan Ekspres relasi Jogjakarta-Solo hasil modifikasi dari KRL BN-Holec PT INKA Madiun.
• KRDH-I Blora Jaya relasi Semarang-Bojonegoro.
• KRDH-I Madiun Jaya relasi Madiun-Jogjakarta.
• KRDH-I Seminung relasi Tanjung Karang-Kota Bumi.
• KRDH-I Way Umpu relasi Tanjung Karang-Kota Bumi.
• KRDH-I Sri Lelawangsa relasi Medang-Binjai.

Kereta wisata

Salah satu rangkaian kereta api wisata yang dioperasikan oleh PT Kereta Api Indonesia.

PT Kereta Api Indonesia juga menyediakan layanan kereta wisata yang tarifnya disesuaikan dengan harga tiket tertinggi pada kereta yang dirangkaikan dengan kereta wisata tersebut. Gerbong kereta wisata diberi nama Nusantara, Bali, Toraja, Sumatera, dan Jawa. Selain itu, di Ambarawa tersedia pula kereta wisata dengan lokomotif uap bergigi. Di Solo, kereta wisata Punokawan jurusan Purwosari–Wonogiri menelusuri jalan Slamet Riyadi di Kota Solo. Adapun di Sumatera Selatan, tersedia kereta wisata yang diberi nama Kereta Sultan, sedangkan di Sumatera Barat tersedia pula kereta wisata yang bertujuan ke Lembah Anai dan Pantai Pariaman.^[8]

Kereta barang

Kereta Peti Kemas.

Kereta Ketel Minyak.

Khusus di Pulau Jawa, pemasaran angkutan barang semula kurang diminati pasar karena dalam perjalanan kalah prioritas dengan kereta penumpang. Akan tetapi, sejalan dengan perkembangan terakhir yang sudah melalui tahapan modernisasi sarana angkutan barang, telah dimungkinkan hadirnya kereta barang dengan kecepatan yang tidak jauh berbeda dengan kereta penumpang sehingga perjalanannya jauh lebih lancar.^[9][10]
Layanan kereta barang yang dilayani saat ini sudah ada beberapa macam seperti kereta pengangkut peti kemas, kereta pengangkut batu bara, kereta pengangkut semen, dan sebagainya.
Untuk mengoptimalkan layanan kereta berbasis barang pada saat ini PT Kereta Api Indonesia membuat anak perusahaan yang bernama PT Kereta Api Logistik (Kalog) yang fungsi utamanya adalah untuk melayani dan mengoperasionalkan layanan barang berbasis kereta api.

Baja Satwa

Kereta barang Baja Satwa dikhususkan untuk mengangkut barang yang melayani rute Jakarta Kampung Bandan-Surabaya Pasar Turi. Barang yang diangkut kebanyakan berupa peti kemas yang jenis komoditas angkutannya tidak terbatas. Sayangnya, saat ini Stasiun Kampung Bandan sudah tidak aktif lagi.

Kereta barang cepat

Kereta Kiriman Ekspress One Night Services Jakarta - Surabaya.

Koridor layanannya sama dengan kereta api Antaboga, yaitu Jakarta-Surabaya Pasar Turi, tetapi sarana yang digunakan berupa gerbong tertutup. Komoditas yang dapat diangkut juga bermacam-macam, sesuai dengan keadaan pasar.

Pada hari Jumat, tanggal 17 Juni 1864, kereta api (KA) pertama di Indonesia lahir. Pembangunan diprakarsai oleh Nederlands-Indische Spoorweg Maatschappij (NIS) dengan rute Kemijen-Tanggung. Pencangkulan tanah pertama dilakukan di Desa Kemijen dan diresmikan oleh Mr. L.A.J.W. Baron Sloet van de Beele. Namun jalur ini dibuka tiga tahun berikutnya, 10 Agustus 1867. Hingga tahun 1873 tiga kota di Jawa Tengah, yaitu Semarang, Solo, dan Yogyakarta sudah berhasil dihubungkan.
Masa politik kolonial liberal rupanya mengakibatkan Pemerintah Belanda enggan mendirikan perusahaannya dan justru memberikan kesempatan luas bagi perusahaan-perusahaan (KA) swasta. Namun sayangnya, perusahaan swasta itu tidak memberikan keuntungan berarti (apalagi NIS masih membutuhkan bantuan keuangan dari Pemerintah Kolonial), maka Departemen Urusan Koloni mendirikan operator KA lain, Staatsspoorwegen, yang membentang dari Buitenzorg hingga Surabaya. Pertama dibangun di kedua ujungnya, jalur pertama di Surabaya dibuka pada tanggal 16 Mei 1878 dan terhubung pada tahun 1894.
Selain itu, muncul juga lima belas operator KA swasta di Jawa yang menamakan dirinya sebagai "perusahaan trem uap", namun meskipun namanya demikian, perusahaan itu sudah dapat dianggap sebagai operator KA regional.
Sebagai perusahaan kolonial, sebagian besar jalur KA di Indonesia mempunyai dua tujuan: ekonomis dan strategis. Nyatanya, syarat bantuan keuangan NIS antara lain membangun rel KA ke Ambarawa, yang memiliki benteng bernama Willem I (yang diambil dari nama Raja Belanda). Jalur KA negara pertama dibangun melalui pegunungan selatan Jawa, selain daerah datar di wilayah utara Jawa, untuk alasan strategis sama. Jalur KA negara di Jawa menghubungkan Anyer (lintas barat) menuju Banyuwangi (lintas timur).
Selain di Jawa, pembangunan rel KA juga dilakukan di Aceh, menghubungkan Banda Aceh hingga Pelabuhan Uleelhee, dengan lebar sepur 1.067 mm, yang digunakan untuk keperluan militer. Kemudian, lebar sepur yang sebelumnya 1.067 mm kemudian diganti menjadi 750 mm membentang ke selatan. Jalur ini kemudian berpindah kepemilikan dari Departemen Urusan Perang kepada Departemen Urusan Koloni tanggal 1 Januari 1916 menyusul perdamaian relatif di Aceh.
Ada pula jalur kereta api di Ranah Minangkabau (dibangun pada tahun 1891-1894) dan Sumatera Selatan (dibangun tahun 1914-1932). Kedua jalur ini digunakan untuk melintas layanan KA batu bara dari pertambangan bawah tanah menuju pelabuhan.
Di Sumatera Utara, ada perusahaan KA bernama Deli Spoorweg Maatschappij yang banyak mengangkut karet dan tembakau di daerah Deli.
Pembangunan jalur kereta api juga dilangsungkan di Sulawesi Selatan pada bulan Juli 1922 hingga 1930; sebagai bagian dari proyek besar-besaran pembangunan jalur rel di Kalimantan dan Sulawesi, menggabungkan sistem rel KA di Sumatera, serta elektrifikasi jalur KA utama di Jawa. Namun Depresi Besar telah membatalkan upaya ini. Meskipun tidak sempat dibangun, studi pembangunan jalur KA di Kalimantan, Bali, dan Lombok telah selesai dilakukan.
Semasa pendudukan Jepang, seluruh jalur KA (bahkan yang terpisah sekali pun) dikelola sebagai satu kesatuan. Sementara itu, di Sumatera, juga dikelola oleh cabang-cabang Angkatan Bersenjata Kekaisaran Jepang, secara terpisah.
Pendudukan Jepang akhirnya mengubah lebar sepur 1.435 mm di Jawa menjadi 1.067 mm, sebagai penyelesaian masalah lebar sepur ganda. Ini bukanlah "permasalahan nyata" karena tidak banyak perubahan materiil di kedua sistem itu, banyak rel 1.435 mm dipasangi rel ketiga pada tahun 1940, menghasilkan rel dengan lebar sepur campuran